Si les Conseils Généraux du Gard et des Pyrénées Orientales ont chacun créé leur musée départemental d'art sacré, c'est l'Agglomération de Montpellier qui porte le projet de "musée de l'histoire de Montpellier et de ses diocèses".

Il sera installé dans l'Ancien Palais épiscopal, le dernier construit en France et daté de 1912, que Monseigneur Thomazeau, archevêque la ville, quitte à regret, poussé par des contraintes financières.

Moyennant un loyer de 42000 € annuel, l'Agglomération en prend possession par bail empythéotique de 70 ans. Par convention de dépôt, les 21 000 ouvrages de la bibliothèque seront transférés à la Médiathèque E. Zola.

Les collections, peintures, sculptures, orfèvrerie, mobilier religieux (140 œuvres majeures dont 83 protégées) serviront de base au futur musée qui abritera en outre d'autres œuvres en possession de l'évêché, ainsi que dépôts du Musée Fabre ou des acquisitions.

Elles seront organisées suivant 6 séquences retraçant les grands moments de l'histoire religieuse de la ville: de Maguelone à la Contre-réforme, l'église gallicane triomphante, le Concordat, Frédéric Fabrèges et la renaissance de Maguelone, le cardinal de Cabrières, les objets de la liturgie. Ouverture prévue en 2013 sous la forme d'une annexe du Musée Fabre.